افزایش سرمایه گذاری، پشتیبانی از تولید و توسعه صادرات از مهم ترین اهداف مناطق ویژه اقتصادی محسوب می شود که برای تحقق آنها، معافیت ها و امتیازات گمرکی و مالی به فعالان مستقر در منطقه اعطا شده است. درمجموع، مناطق ویژه اقتصادی فعال از معضلات کمتر و همچنین در برخی از شاخص ها، از عملکرد بهتری نسبت به مناطق آزاد تجاری صنعتی برخوردارند؛ به دلایلی نظیر وسعت محدود، استقرار گمرک ایران در مبادی مناطق، عدم حضور محدوده های مسکونی در منطقه، ممنوعیت خرده فروشی و عدم معافیت واردات کالای همراه مسافر، تعیین حوزه فعالیت تخصصی برای اغلب مناطق. البته در حوزه صادرات غیرنفتی بخش عمده ای از موفقیت مناطق ویژه اقتصادی مربوط به مناطق ویژه اقتصادی حوزه انرژی است. در عین حال عملکرد حدود 50 منطقه ویژه اقتصادی غیرفعال و چندین منطقه فعال با شاخص های عملکردی محدود، نشان می دهد ادامه فعالیت و گسترش مناطق ویژه اقتصادی نیازمند بازنگری است. علل ایجاد مناطق ویژه اقتصادی غیرفعال و ناموفق عبارتند از: تکیه بر ترجیحات محلی در فرایند تصویب مناطق، عدم آشنایی تصمیم گیران با سایر ابزارهای توسعه، عدم پذیرش مسئولیت سازمان منطقه توسط بخش های خصوصی و دولتی توانمند، عدم همکاری در تأمین زیرساخت های مورد نیاز، عدم صرفه اقتصادی راه اندازی منطقه ویژه مصوب به دلیل مکان یابی نامناسب، دورافتادگی از صنایع وابسته و زیرساخت ها. ازاین رو فرایند ایجاد مناطق ویژه اقتصادی باید به گونه ای اصلاح شود که معضلات اشاره شده را کاهش دهد؛ برای تحقق این هدف طرح ایجاد پلکانی و تدریجی مناطق ویژه اقتصادی پیشنهاد می شود.