تخصیص بهینه و نظام مند منابع مالی در راستای برنامه های حفاظت از محیط زیست امری ضروری به نظر می رسد. صندوق ملی محیط زیست به عنوان ظرفیتی اساسی برای نظام مند کردن و تخصیص بهینه منابع مالی در راستای حفاظت از محیط زیست و توسعه پایدار ایجاد شده است. صندوق ملی محیط زیست یک فرصت مهم برای تأمین مالی و هدایت اقدامات به منظور کاهش انتشار آلاینده های زیست محیطی و جلوگیری از تخریب محیط زیست است. این صندوق در قوانین بالادستی و موضوعه همواره مورد توجه قرار داشته و بسترهای قانونی مناسبی برای واریز اعتبارات و جرایم زیست محیطی برای آن دیده شده است. همچنین این صندوق فرصت قابل توجهی در جذب منابع و کمک ها از منابع حقیقی و حقوقی داخلی و خارجی را داراست. در قانون بودجه سال 1399، مصوب شد که بخشی از عوارض زیست محیطی که به موجب قانون مالیات بر ارزش افزوده اخذ می شود در اختیار صندوق ملی محیط زیست قرار بگیرد. تخصیص این ردیف اعتباری تا پایان فروردین ماه 1400، بیش از 9 هزار میلیارد ریال بوده است. اما صندوق ملی محیط زیست به علت مشکلات ساختاری و فرایندی، نتوانسته مدیریت مناسبی برای هزینه کرد بهینه این اعتبار داشته باشد. در این گزارش ضمن بررسی علل عدم توفیق صندوق، پیشنهادهایی برای اصلاح ساختار و رویه های صندوق آورده شده است.