مطابق با تبصره ماده (23) قانون برنامه ششم توسعه اقتصادی مصوب سال 1395، کلیه وظایف، اختیارات، ساختار و تشکیلات دبیرخانه شورای عالی مناطق آزاد و ویژه اقتصادی با حفظ شخصیت حقوقی مستقل و با رعایت ضوابط و مقررات مربوطه به وزارت امور اقتصادی و دارایی منتقل شد و براساس این حکم وزیر ذی ربط مسئول اجرای قوانین مرتبط با حوزه مناطق آزاد تجاری ـ صنعتی و ویژه اقتصادی مشخص گردید. در لایحه بودجه سال 1401 دولت پیشنهاد داده است تا طبق روال قبل از برنامه ششم، اداره دبیرخانه شورای عالی مناطق آزاد و ویژه اقتصادی در زیرمجموعه نهاد ریاست جمهوری قرار گیرد. موافقان تصویب ماده (23) قانون برنامه ششم توسعه اعتقاد داشتند به دلیل حاکم بودن وزارت اقتصاد در حوزه های سرمایه گذاری، بخش بانکی، مالیات و امور گمرکی (تجارت)، این مصوبه باعث ایجاد هماهنگی بین دستگاه های مذکور خواهد شد و درنتیجه مناطق آزاد و ویژه اقتصادی، بر وظایف اصلی خود تمرکز خواهند داشت؛ ازطرفی مجلس نیز از ابزارهای نظارتی خود می تواند بهتر استفاده کند؛ اما در مقابل مخالفان معتقد بودند انتقال دبیرخانه مناطق آزاد به زیرمجموعه وزارت اقتصاد، به دلیل صدور حکم دبیر شورا توسط رئیس جمهور و تأیید حکم مدیران عامل سازمان های مناطق آزاد توسط هیئت وزیران و امضای رئیس جمهور، مشکلاتی را در زمینه نظارت و پاسخگویی برای وزارت امور اقتصادی و دارایی و حتی مجلس شورای اسلامی به وجود می آورد و امکان مدیریت یکپارچه در مناطق آزاد و ویژه اقتصادی نیز ناممکن می شود. براساس قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری – صنعتی، مصوب سال 1372مجلس شورای اسلامی، دبیر شورای عالی مناطق آزاد و ویژه اقتصادی با اختیارات کامل، براساس قانون در محدوده منطقه آزاد عمل می کند و مدیران عامل هر منطقه نیز پس از تأیید هیئت وزیران با حکم رئیس جمهور انتخاب می شوند؛ لذا نقش مدیران عامل مناطق آزاد مانند استاندار بوده و وظایف هماهنگی و در برخی موارد نظارت بر عملکرد دستگاه های اجرایی در حوزه مناطق آزاد و ویژه اقتصادی را برعهده دارند؛ لذا اگر این مناطق زیر نظر وزیر امور اقتصادی و دارایی اداره شوند، سایر دستگاه ها از مدیران عامل سازمان های مناطق آزاد و ویژه اقتصادی پیروی نخواهند کرد و حاکمیت یکپارچه در این مناطق با دشواری روبه رو خواهد شد. فارغ از استدلال های مطرح شده ازسوی موافقان و مخالفان به نظر می رسد مشکل اصلی مناطق آزاد در این نیست که زیرمجموعه چه نهاد یا وزارتخانه ای اداره شوند، بلکه در این است که متأسفانه مأموریت و اهداف ایجاد یک منطقه آزاد در ایران به درستی طراحی نشده است تا براساس آن بتوان ساختار سازمانی و اداری لازم را برای مأموریت تعیین شده طراحی و عملیاتی کرد. گزارش حاضر ضمن بررسی مختصر این موضوع، بند «ح» تبصره «۱۸» لایحه بودجه ۱۴۰۱ را مورد ارزیابی قرار می دهد.